Le port de Santana a le plus grand tirant d'eau sur la côte nord du Brésil, avec 2 quais, en 2020, a reçu le premier navire de taille Panamax approuvé par la marine brésilienne, un vraquier de 225 mètres de longueur et d'une capacité de chargement allant jusqu'à 76 mille tonnes.
Les ports de l'Etat d'Amapá sont proches des grands marchés de consommation, à 7 jours des Etats-Unis et de l'Europe et 32 jours de la Chine. La proximité du canal de Panama accélère la traversée de l'océan Atlantique à l'océan Pacifique, facteur d’extrême importance pour l'analyse des coûts de transport des marchandises.
Depuis l'État d'Amapá et via le réseau de voies navigables existant, les navires peuvent traverser le bassin amazonien et accoster dans les principaux ports de la région. Amapá est une route importante pour le flux de céréales produites dans la région du Midwest du Brésil
Le pont sur la rivière Oiapoque qui relie l’Amapá à la Communauté économique européenne à travers la Guyane française a permis d'accéder au marché de consommation sur le plateau guyanais (Suriname, Guyane, Guyane française) avec plus de 1,5 million de personnes, est en plein fonctionnement avec transport international de marchandises
Le moderne aéroport international de Macapá - Alberto Alcolumbre joue un rôle important d'intégration dans la région, traitant en moyenne 47 904 passagers par mois et 218 410 kg de fret aérien.